وقد أنشئت المفوضية ومارست مهامها بشكل كامل عام 1969 لتصبح الوكالة المتخصصة فى مجال الطيران داخل الاتحاد الإفريقى، وكانت الأفكاك تدار فى البداية من الناحية الفنية والإدارية والمالية من جانب منظمة الإيكاو وبمساهمات الدول الإفريقية الأعضاء فى الاتحاد الإفريقي ثم استقلت عن الإيكاو فى يناير 2007 وتضم فى عضويتها 54 دولة وتعقد جلسات جمعيتها العامة مرة كل 3 سنوات وقد عقدت لأول مرة فى مصر عام 2001 وتم انتخاب الطيار عبدالفتاح كاطو رئيس سلطة الطيران المدنى المصرى فى ذلك الوقت رئيسا لها لمدة ثلاث سنوات ليصبح أول مصرى يترأس المفوضية الإفريقية للطيران ولكنه لم يستكمل المدة وترك رئاستها فى نوفمبر 2001 وفقا للوائح بعد أن أصبح رئيسا للشركة القابضة للمطارات والملاحة الجوية فى ذلك الوقت واستكمل مدة رئاسة مصر للمفوضية الطيار ممدوح حشمت رئيس الهيئة العامة للرقابة على اعمال الطيران المدنى حينها.
ويتكون مجلس المفوضية من رئيس و 5 نواب يمثلون غرب وشرق وشمال وجنوب ووسط إفريقيا إلى جانب منسق المجموعة الإفريقية فى الإيكاو ويترأسها الأمين العام.