حيث إن هناك توصيه بعدم تغيير نظام التنسيق وان يتم على مرحلتين الا ان هناك رأيا آخر بتحويله الى تنسيق الكتروني أسوة بالجامعات الحكومية ورايا ثالثا بجعله مرحلة واحدة بدلا من مرحلتين موضحاً أن التنسيق الإلكترونى يحتاج إلى دراسة متأنية وأشار إلى أن قانون الجامعات الخاصة ينص على أن تحدد كل جامعة قيمة مصروفاتها، وأن الوزارة ليس لها أن تتدخل وإن كان يرى من وجهة نظره أنه لابد أن يكون هناك تدخل من الوزارة فى عملية الزيادة السنوية للمصروفات بالجامعات الخاصة.