تعود العلاقات بين مصر وجنوب السودان إلى تاريخ طويل منذ عشرات السنين، عندما كانت أعداد من أبناء جنوب السودان يأتون لتلقي تعليمهم في جامعات مصر، وهذه العلاقات تتطور وتزداد عمقًا على مر الأيام في ظل رغبة الشعبين القوية في تطوير العلاقات بين البلدين، ومنذ استقلال دولة جنوب السودان عن الشمال، حرصت مصر على حسن العلاقة ومتانتها مع دولتي السودان شمالها وجنوبها على السواء.
موضوعات مقترحة
كانت لمصر مواقف واضحة إزاء بعض التحديات السياسية التي واجهت جنوب السودان ولاسيما قضية "أبيي"، الغنية بالبترول المتنازع عليها بين الشمال والجنوب والتى تم تحويل قضيتها إلى محكمة التحكيم الدائمة بلاهاى لتحديد حدودها، إذ رحبت مصر بالقرار الذى صدر عن المحكمة ودعت الأطراف إلى الالتزام به بالإضافة إلى استمرار المساهمة المصرية بأكبر مكون فى قوات حفظ السلام الدولية بجنوب السودان.
وتم تبادل زيارات بين مصر وجنوب السودان على مستوى عالٍ والاتفاق على مشروعات تعاون لصالح الشعبين، خصوصًا أن علاقات مصر بالجنوب وأبنائه كانت قوية وطيبة عندما كانت السودان دولة واحدة وقبل أن ينقسم إلى شمال وجنوب.
الزيارات المتبادلة
فى 10-1-2017 ، قام سلفا كير ميارديت رئيس جنوب السودان بزيارة لمصر، استقبله الرئيس عبد الفتاح السيسى. بحث الجانبان سبل تعزيز مختلف جوانب العلاقات الثنائية بين مصر وجنوب السودان، كما تمت مناقشة بعض القضايا الإقليمية والدولية ذات الاهتمام المُشترك. كما بحثا عملية السلام فى جنوب السودان وأهمية الالتزام باتفاق التسوية السلمية الموقع فى أغسطس 2015، باعتباره الآلية الأساسية لاستعادة السلم والاستقرار والرخاء لأهلنا فى جنوب السودان، كما تناولت سبل تضافر كل القوى لتقديم الدعم لحكومة الوحدة الوطنية الانتقالية برئاسة سلفا كير لتحقيق هذا الهدف المهم.
فى 22-11-2014 ، قام سيلفا كير رئيس جمهورية جنوب السودان بزيارة لمصر على رأس وفد رفيع المستوى يضم مجموعة من الوزراء، وقام الرئيس عبد الفتاح السيسي باستقبال الوفد بمقر الرئاسة وعقد الرئيسان جلسة مباحثات ثنائية مغلقة، تلتها جلسة مباحثات موسعة بحضور وفدي البلدين، أكد السيسى استمرار مصر في تقديم مساعداتها إلى أشقائها في جنوب السودان، وأكد سيلفا كير أن هذه الزيارة بمثابة رسالة قوية تعكس عمق العلاقات بينهما، مضيفًا أنه حرص على اصطحاب وفد موسع من مختلف الوزارات للتباحث مع نظرائهم المصريين لتفعيل الاتفاقيات الموقعة بين البلدين، ودفع التعاون بينهما قدماً من خلال توقيع اتفاقيات جديدة.
في 3-9-2018 ، وخلال حضوره منتدى التعاون الصين - إفريقيا (فوكاك)، استقبل الرئيس عبد الفتاح السيسي بمقر إقامته بالعاصمة الصينية بكين رئيس جنوب السودان سلفا كير. استعرض اللقاء أوجه التعاون الثنائي بين البلدين حيث أكد الرئيس أن مصر ستواصل مساندة جهود التنمية في جنوب السودان، وتعزيز أطر التعاون الثنائي وتقديم المساعدات والدعم الفني لجنوب السودان، بما يسهم في تلبية تطلعات شعبها نحو مستقبل أفضل.
فى 23-9-2014 ، استقبل الرئيس عبد الفتاح السيسي بنيويورك، سيلفا كير ميارديت رئيس جمهورية جنوب السودان، على هامش أعمال الدورة التاسعة والستين للجمعية العامة للأمم المتحدة، ثمّن سيلفا كير دور مصر سواء في منطقة الشرق الأوسط أو في إفريقيا، مشيدا بالدعم المصري لبلاده في مختلف المجالات.